サーチコンソールを見ていると、注意マークがでてきました。
Chart totals no longer include anonymous* (rare) queries when you apply a query filter. Previously, the chart totals included all anonymous queries when a “Queries not containing:” filter was applied. Because of this, you might see a drop in clicks and impressions when adding a filter that excludes specific queries. We believe that omitting anonymous queries from all query-filtered results is more consistent.
https://support.google.com/webmasters/answer/6211453#search_analyticsより引用
簡単に書くと、以前は匿名のクエリーが含まれていたのですが、それが含まれなくなりました。
その結果、上がることはないのですが、サイトによっては下がるケースもあります。
ただ、エラーなどではないので、ご心配のないようにしてください。